初中部是青浦协和十六年一贯制培养体系中承上启下的重要学段，通过构建“国家课程校本实施、中西课程融合实施、国际课程本土实施”的三级课程，践行全人教育，回归教育本质，全面发展学生的核心素养，引领学生多维发展。
在六年级和七年级，初中部特别为孩子们提供了多元丰富的可选择课程，助力其个性化成长。在八年级，学生要根据自身成长需求和优势志趣选择升学路径。学生初中毕业后，凭借扎实的学科基础和灵活的思维能力，既能无缝对接协和高中的学习，也能满足普通高中的学习要求。
在实施三级课程过程中，初中部以“核心学术课程、品质成长课程、专业探索课程”三大门类为载体，融入青浦协和学习者培养目标，服务每一个学生全面而富有个性的成长。其中，核心学术课程旨在夯实基础知识，为多元升学通道的选择做准备；品质成长课程涵盖德育系列课程、户外行走课程、博物馆课程、社会情感课程（社区服务课程）等，以博爱滋养心灵，建立多元价值观，丰盈个人的审美情趣；专业探索课程主要有CCA选修课程、校队课程、社团课程、生涯规划课程等，帮助学生在精彩纷呈的体验中发现自己的志趣，明晰自身的优势，找准个人发展方向。
初中部的课堂遵循体验和理解为先的教学设计，鼓励学生保持好奇心和敏锐度，主动发现问题，探究问题背后的逻辑和本质。基于问题和项目式的跨学科学习，让学生加入需要发现与合作的项目，强调知识自身的多样性和相互交织的向度，将知识放在动态和应用的领域中。在这个过程中，学生的学习以真实性和适切性为驱动，充分调动个人经历，锻炼他们的洞察力，发展他们的读写能力和有意义的表达能力，让学生掌握科学的思维和研究方式。各年级的人文行走活动则是将世界变成课堂，帮助学生感知外在世界的多变，拓展学生的实践能力，关注学生综合素质和社会责任感的内化提升，让学习在校园以外的真实生活中自然自由发生，期待每一位同学以优秀公民的姿态去适应未来。